知識梳理||DNA指紋圖譜
DNA指紋圖譜最早在1985年由英國萊斯特大學(xué)的遺傳學(xué)家Jefferys提出，Jefferys及其合作者首次將分離的人源小衛(wèi)星DNA用作基因探針，同人體核DNA的酶切片段雜交，獲得了由多個(gè)位點(diǎn)上的等位基因組成的長度不等的雜交帶圖紋，這種圖紋極少有兩個(gè)人完全相同，故稱為“DNA指紋”，意思是它同人的指紋一樣是每個(gè)人所特有的。眾多“DNA指紋”組成“DNA 指紋圖譜”。
多種分子標(biāo)記都可被用于DNA圖譜構(gòu)建，其中SNPs標(biāo)記由于在基因組上分布廣、穩(wěn)定和遺傳力高等特點(diǎn)，現(xiàn)階段被廣泛用于構(gòu)建DNA指紋圖譜。DNA指紋圖譜對于品種特異性和真實(shí)性鑒別、種子純度鑒定具有重要意義。本期小編給大家?guī)?strong style="box-sizing:border-box;">DNA指紋圖譜的構(gòu)建思路。
HVBO GENE
測序策略
技術(shù)路線
1、樣本搜集
選擇有參考基因組的樣本進(jìn)行收集。
2、實(shí)驗(yàn)流程
將樣本提取DNA，打斷成350bp小片段構(gòu)建文庫，文庫質(zhì)檢合格后上機(jī)測序。
3、技術(shù)原理路線
HVBO GENE
結(jié)果展示
1、SNP位點(diǎn)篩選
與參考基因組進(jìn)行比對后，獲得初始SNPs。針對初始SNPs，首先根據(jù)測序深度、比對質(zhì)量值、基因型質(zhì)量值、位點(diǎn)缺失率、最小等位基因頻率、雜合率等進(jìn)行過濾，獲得高質(zhì)量的群體共有SNPs。
然后，根據(jù)LD連鎖強(qiáng)度 (r2)過濾掉連鎖緊密的SNPs，最終獲得高質(zhì)量的獨(dú)立SNPs。
2、SNP位點(diǎn)評估
為了評估建立的指紋標(biāo)準(zhǔn)能否有效檢測群體的遺傳多樣性，針對樣品種質(zhì)資源，分別利用高質(zhì)量的群體共有SNPs、指紋標(biāo)準(zhǔn)SNPs進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析和PCA主成分聚類分析；
為了驗(yàn)證建立的指紋標(biāo)準(zhǔn)的檢測效果，進(jìn)行群體遺傳相似度分析。
SNP位點(diǎn)評估示例[1,2]
3、構(gòu)建DNA指紋圖譜
基于前期SNPs位點(diǎn)過濾、篩選可以構(gòu)建指紋圖譜的SNPs標(biāo)記，并進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹、主成分分析和遺傳相似性等評估，獲得的最終的SNPs標(biāo)記進(jìn)行區(qū)分不同的材料，構(gòu)建DNA指紋圖譜。
DNA指紋圖譜示例1
DNA指紋圖譜示例2[3]
結(jié)語
如同人類的指紋作為身份標(biāo)識一樣，植物的DNA指紋圖譜為其貼上了“分子身份證”，構(gòu)建植物品種DNA指紋圖譜，對于品種鑒定與知識產(chǎn)權(quán)的保護(hù)、品種純度和真實(shí)性檢測、品種親緣關(guān)系和分類研究中具有重要意義。
華博基因提供包括基因編輯和分子標(biāo)記輔助育種、基因組測序、基因定位克隆、蛋白互作、代謝組分析，基因組數(shù)據(jù)挖掘等技術(shù)服務(wù)，以及土壤、水分和種子等檢測服務(wù)。
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